«Meropi», «Akis», «Sifanos», «Sifanto» et «Astrogonio» sont certains des noms attribués à Sifnos au cours de sa longue histoire.

Le nom de Sifnos provient du nom du fils du héros de l’Attique Sounios, ou, selon une autre version, de l’adjectif «sifnos» qui signifie «vide, creux» et fait référence à l’existence sur l’île de nombreuses galeries résultant d’une intense activité minière.

Les tombes et les restes d’habitations découverts par l’archéologue Christos Toudas, principalement sur le littoral de l’île, font apparaître que la première implantation à Sifnos remonte à la deuxième moitié du troisième millénaire avant J.-C. Les premiers habitants mentionnés sont les Pélasges, les Lélèges et les Phéniciens. D’après la mythologie, ces habitants auraient été chassés par Minos, le roi de la Crète, qui avait établi ses fils gouverneurs des Cyclades.

Les découvertes archéologiques permettent d’affirmer que l’île a connu un grand essor et est devenue un grand centre de la civilisation protocycladique au IIIe millénaire avant J.-C., tandis que, d’après la légende, les Ioniens emmenés par leur chef Alcénor se seraient installés à Sifnos après la guerre de Troie. L’arrivée de ces nouveaux résidents marque le début d’une ère nouvelle au cours de laquelle est fondée, selon Hérodote, la cité de la partie orientale de l’île, appelée aujourd’hui Kastro.

Grâce à ses mines d’or et d’argent et au développement de l’art de la céramique, Sifnos fut parmi les îles les plus riches des Cyclades. Au troisième millénaire avant J.-C., elle possédait la deuxième plus ancienne mine d’argent au monde ! Cette richesse est attestée tant par les études et les fouilles que par la frappe d’une monnaie vers l’an 600 av. J.-C. Les Sifniotes furent les premiers à battre une monnaie en or et à frapper les deux faces des pièces. Un autre exemple significatif de l’essor de l’île à cette période est la reconstruction en 525 av. J.-C. du célèbre Trésor de Sifnos au sanctuaire de Delphes, un bâtiment de style ionique richement orné de sculptures, d’une remarquable valeur esthétique et artistique. Ce fut le premier édifice entièrement en marbre de la Grèce continentale. La façade était ornée de deux statues de femmes, semblables aux Cariatides du Parthénon, cent ans avant que ce dernier ne fut construit ! Parallèlement, dans l’une des trois villes de l’île, à Asty, on construisit une agora et un prytanée en marbre de Paros.

Lors des guerres médiques, Sifnos participa à la bataille navale de Salamine avec un pentécontère (navire à 50 rameurs) et fit ensuite partie des première et deuxième alliances athéniennes. Le nom de l’île fut gravé après les guerres médiques, avec ceux des autres cités qui avaient pris part aux hostilités, sur le Trépied de Delphes (qui se trouve aujourd’hui à Istanbul).

Les informations que l’on possède sur Sifnos à l’époque byzantine sont particulièrement limitées: au début de cette période, Sifnos était rattachée administrativement à la région Achaïe de l’Illyrie Orientale et apportait sa contribution à la petite flotte des Cyclades. Vers le milieu de la ère, son importance commerciale se renforça. En outre, à l’époque de l’iconoclasme byzantin, de nombreux intellectuels et religieux trouvèrent refuge à Sifnos, contribuant ainsi à l’élévation spirituelle de l’île.

Après la croisade de 1204, Sifnos fut annexée au Duché de Naxos, fondé en 1207 par Marco Sanudo. En 1269, l’île fut reprise par les Byzantins, avant d’être conquise en 1307 par Yannoulis Da Corogna qui s’en proclama seigneur indépendant. Da Corogna fortifia Kastro afin de tenir tête aux ducs de Naxos qui revendiquaient la possession de l’île. En 1464, Sifnos passa aux mains de la famille Gozzadini qui conserva l’île jusqu’en 1566, année où les Turcs conquirent les Cyclades et en cédèrent l’administration à Joseph Nassi. Toutefois, les Gozzadini restèrent à Sifnos jusqu’en 1617, en tant que sujets du Sultan dotés d’attributions obscures. (On rencontre aujourd’hui encore le nom Gozadinos sur l’île).

Grâce aux conditions favorables créées par l’administration des Sultans les années suivantes, l’île connut ensuite un fort développement économique et culturel.

L’économie de Sifnos reposait davantage sur l’agriculture et l’élevage que sur le commerce, mais elle était prospère comme en témoigne la présence sur l’île de consulats de France, d’Angleterre et de Hollande.

En 1687, l’École du Saint-Sépulcre, également connue sous le nom d’École de l’Archipel, est fondée à Sifnos et de célèbres professeurs y enseignent, comme Emmanouil Trochanis et Nikolaos Chryssogelos. L’École accueillait 300 élèves venus de Sifnos et d’autres régions de la Grèce, avec un enseignant nommé pour cinq ans. Plus de cinquante Sifniotes se distingueront par la suite dans la hiérarchie ecclésiastique et occuperont des charges importantes. C’est dans cette école que fut introduite la méthode de l’apprentissage mutuel qu’appliqua plus tard Nikolaos Chrysogelos, en tant que premier ministre de l’Éducation, lorsqu’il instaura l’enseignement primaire. De cette école sortirent également trois Patriarches, quarante-sept métropolites, des écrivains, des professeurs et des médecins de l’époque.

En même temps apparurent à Sifnos des conditions qui favorisèrent le développement d’une institution communautaire d’administration locale, ayant pour organe principal l’Assemblée Générale du Peuple.

Sifnos participa à la guerre d’indépendance de 1821 avec un corps expéditionnaire organisé par Nikolaos Chrysogelos et principalement actif dans le Péloponnèse.

Après l’Indépendance, Sifnos connaîtra son apogée dans tous les domaines et notamment dans celui des lettres, où se distingueront d’importants scientifiques, écrivains et érudits (Ioannis Gryparis, Nikolaos Dekavallas, Konstantinos Dialismas, Iakovos Dragatsis, Aristos Kabanis, Apostolos Makrakis, Aristomenis Proveleggios, Theodosis Sperantsas, Antonios Zilimonas, Georgios Maridakis, etc.)

Sifnos fut sous occupation italienne de 1941 à 1944.

Au cours du XIXe siècle et au début du XXe, de nombreux Sifniotes furent élus députés, comme Aristomenis Proveleggios, Antonios Prezanis, le médecin-chef Georgios Koulouris, etc. Originaire de Sifnos, Konstantinos Proveleggios fut successivement ministre de la Justice, des Finances et des Affaires étrangères.