Στενά συνδεδεμένα με την ιστορία, την αρχιτεκτονική παράδοση και τη θρησκευτική – κοινωνική ζωή της Σίφνου είναι οι πολυάριθμες εκκλησίες και τα μοναστήρια του νησιού.

Από ιστορική άποψη, οι Σιφνιοί επωφελήθηκαν από τα προνόμια που τους παραχώρησαν οι Τούρκοι σουλτάνοι σχετικά με την ελεύθερη εκδήλωση της χριστιανικής τους πίστης. Έτσι το 1646 συστήθηκε η Αρχιεπισκοπή Σίφνου, η οποία περιελάμβανε, εκτός από τη Σίφνο, τα νησιά Αμοργό, Ανάφη, Αστυπάλαια, Ηρακλειά, Ίο, Μύκονο, Σέριφο, Σίκινο και Φολέγανδρο.

Αργότερα, οι Σιφνιοί συνήθιζαν να κληροδοτούν τα περιουσιακά τους στοιχεία σε εκκλησίες ή μοναστήρια και να αναλαμβάνουν διάφορες υποχρεώσεις απέναντι σε αυτά με την τέλεση τελετουργιών (κυρίως πανηγυριών).

Απόδειξη της θρησκευτικής παράδοσης των Σιφνιών ο αριθμός των εκκλησιών και Μοναστηριών που υπάρχουν στο νησί. Ο αριθμός αυτός (237) είναι o μεγαλύτερος από κάθε άλλο νησί των Κυκλάδων, αναλογικά με τη συνολική έκταση του νησιού.

Πολλές από τις εκκλησίες και τα μοναστήρια της Σίφνου έχουν χαρακτηριστεί ιστορικά μνημεία και έχουν τεράστιο θρησκευτικό και αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον. Εκκλησιαστικές επιτροπές και «αδερφάτα» φροντίζουν με αξιοζήλευτη συνέπεια και εθελοντική εργασία για τη συντήρηση ακόμα και αυτών που βρίσκονται σε περιοχές μη προσβάσιμες από τροχοφόρα.

Οι ενοριακοί ναοί στη Σίφνο είναι οκτώ: του Αγίου Σπυρίδωνα στην Απολλωνία, που αποτελεί και το Μητροπολιτικό Ναό του νησιού, της Παναγίας της Κόχης στον Αρτεμώνα, των Ταξιαρχών στον Άγιο Λουκά, του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου στο Πάνω Πετάλι, της Ζωοδόχου Πηγής στο Κάτω Πετάλι, της Παναγιάς Ελεούσας στο Κάστρο, του Αγίου Νικολάου στα Εξάμπελα και του Αγίου Γεωργίου στην Καταβατή.

Αν και κανένα μοναστήρι στις μέρες μας δεν είναι ενεργό, τα μοναστήρια της Σίφνου εξακολουθούν να έχουν ιδιαίτερη ιστορική και θρησκευτική αξία.

Το μοναστήρι της Βρυσιανής στα Εξάμπελα, τo μεγαλύτερo του νησιού, κτίστηκε τον 17ο αιώνα και είναι αφιερωμένο στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Εκεί στεγάζεται το Μουσείο Εκκλησιαστικής Τέχνης και στα εκθέματά του περιλαμβάνονται έντυπα παλαιών εκδόσεων, ένα ευαγγέλιο του 1796, το Πατριαρχικό Συγγίλιο που παραχωρεί προνόμια στη Μονή, λειψανοθήκες, εξαπτέρυγα, ιερά σκεύη, άμφια, εικόνες, ένα ιερατικό φελόνιο εξαιρετικής τέχνης, κ.ά.

Το μοναστήρι του Προφήτη Ηλία του Αψηλού, στην κορυφή του ομώνυμου και ψηλότερου βουνού της Σίφνου (σε υψόμετρο 700 μέτρων περίπου), το οποίο οικοδομήθηκε πάνω στα ερείπια αρχαίας ακρόπολης. Στα δεξιά του μοναστηριού βρίσκεται το μικρό εκκλησάκι του Αγίου Ελισαίου.

Το μοναστήρι του Χρυσοστόμου στο Κάτω Πετάλι είναι ένα ιστορικό μοναστήρι της Σίφνου στα ανατολικά του οικισμού, όπου σύμφωνα με την παράδοση λειτούργησε το πρώτο Ελληνικό σχολείο του νησιού, πιθανότατα το 1650. Στη Μονή αυτή στεγάστηκε από το 1835 και μετά η περίφημη Σχολή του Αγίου Τάφου.

Το μοναστήρι της Παναγιάς του Βουνού, (σύντομη παράκαμψη δεξιά στο δρόμο Απολλωνίας - Πλατύ Γιαλού), με ιδιαίτερη αρχιτεκτονική ομορφιά και καταπληκτική θέα προς τον οικισμό, την παραλία του Πλατύ Γιαλού και το απέναντι νησάκι της Κιτριανής. Η εκκλησία είναι τρισυπόστατη – αφιερωμένη στα Εισόδια της Θεοτόκου, στους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη και στον Άγιο Νικόλαο – και φέρεται ότι κτίστηκε στις αρχές του 19ου αιώνα.

Το μοναστήρι της Παναγίας των Φυρογείων (16ος αιώνας), βρίσκεται στο δρόμο προς το Βαθύ, πάνω στη διασταύρωση με τον περιφερειακό δρόμο Απολλωνίας. Πιθανότατα οφείλει την ονομασία του στα κόκκινα χώματα που υπήρχαν στην περιοχή. Παλιότερα διέμεναν σε αυτήν, κατά τους χειμερινούς μήνες, οι μοναχοί του Αϊ Νηγιά του Αψηλού. Η Μονή επισκευάστηκε τη δεκαετία του 70 από την Ελληνική Εταιρεία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού και η αναστήλωση της επιβραβεύτηκε με την απονομή του τιμητικού Διπλώματος Europa Nostra.

Εκκλησίες με ιδιαίτερα επιβλητική παρουσία, είναι η Παναγία η Χρυσοπηγή, η Πολιούχος της Σίφνου, που συνδέει την ιστορία της με μια σειρά θρησκευτικών παραδόσεων και θρύλων και αποτελεί σημείο αναφοράς όχι μόνον για τους Σιφνιούς αλλά και για όλους τους Έλληνες ορθόδοξους. Ακόμα η Παναγία η Πουλάτη, ιδιόκτητη εκκλησία κτισμένη το 1870, στην ανατολική πλευρά της Σίφνου, κάτω από τον Αρτεμώνα, η Εκκλησία των Επτά Μαρτύρων (ή Επταμάρτυρος) κτισμένη «πάνω» στη θάλασσα κάτω από το λόφο του Κάστρου, ο Σταυρός του Φάρου (στον ομώνυμο οικισμό) και ο Αϊ Σώστης στα παλιά αργυρωρυχεία της Σίφνου, από τα αρχαιότερα του κόσμου.

Πολλές ακόμα οι εκκλησίες που μπορεί να επισκεφτεί ο επισκέπτης σε κάθε οικισμό της Σίφνου:

Στα Εξάμπελα: οι εκκλησίες του "Γέρου" Άι Νικόλα, όπου υπάρχει και ο τάφος του ποιητή Αριστομένη Προβελέγγιου, του Αγίου Αθανασίου, του Αγίου Δημητρίου, του Αγίου Γεωργίου, της Αγίας Κυριακής, του Χριστού, της Αγίας Βαρβάρας και της Παναγιάς, ενώ περιφερειακά του οικισμού οι εκκλησίες του Αγίου Στυλιανού, της Παναγιάς το Στραοπόδι, του Άι Γιάννη στην Κορακιά, της Αγίας Φωτεινής, του Άι Γιώργη του Μαστιχά, του Αγίου Τρύφωνα, της Αγίας Άννας.

Στην Καταβατή: Η Παναγία η Αγγελόκτιστη, τρίκλιτη εκκλησία με κωνοειδή τρούλο και επιτοίχιες αγιογραφίες, την οποία, όπως λέει η παράδοση, έχτισαν και λειτουργούν Άγγελοι. Δίπλα της βρίσκεται το εκκλησάκι του Αγίου Ελευθερίου. Άλλες εκκλησίες της Καταβατής είναι της Ευαγγελίστριας, των Αγίων Σαράντα, του Άι Γιωργάκη, του Χριστού, του Άι Γιώργη τ’ Απελαῒτη, του Προφήτη Ηλία του Χαμηλού, του Άι Γιάννη του Ελεήμονα.

Στην Απολλωνία: η Παναγία η Ουρανοφόρα (Γερανιοφόρα), οι εκκλησίες της Σωτήρας, του Σταυρού, του Ταξιάρχη, του Αγίου Αθανασίου, του Χριστού, του Αγίου Σώζοντα, του Αγίου Αντωνίου, του Αγίου Νικολάου (στην Πηγή), της Παναγιάς του Μπαρού, και στην ευρύτερη περιοχή της Απολλωνίας της Αγίας Βαρβάρας, των Αγίων Αποστόλων, του Ρόδου του Αμάραντου, της Αγίας Τριάδος, του Αγίου Αρτεμίου (όπου στεγάστηκε το πρώτο αλληλοδιδακτικό σχολείο και το πρώτο Σχολαρχείο της ελεύθερης Σίφνου), το παλιό γυναικείο Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου (στου Μονγκού).

Στον Αρτεμώνα: η Παναγία της Άμμου, η Παναγία του Μπαλή, ο Άι Πέτρος, ο Άγιος Σπυρίδωνας και η Αγία Άννα.

Στον Άγιο Λουκά: ο Άγιος Κωνσταντίνος, ο Άι Λούκας, ο Άι Γιώργης τ’ Αφέντη, η Παναγιά τα Γουρνιά, που πήρε το όνομά της από τις γούρνες που βρίσκονταν στο ποτάμι και έπλεναν τα ρούχα τους οι νοικοκυρές. Στην εκκλησία, - δισυπόστατη, αφιερωμένη στην Παναγία και στον Άγιο Νικόλαο - υπάρχουν τοιχογραφίες του Σιφνιού ιερομόναχου Αγάπιου του Δευτερεύοντος, με προεξέχουσα την τοιχογραφία του Κύκλου της ζωής.

Στο Πάνω Πετάλι: οι εκκλησίες του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου (Θεολογάκι), του Αγίου Τρύφωνα, της Αγιάς Παρασκευής, του Άι Γιώργη της Πατσάνας και του Άι Αντύπα (μετόχι του Αγίου Όρους, όπου στα χρόνια της Επανάστασης λειτούργησε το πρώτο προπαρασκευαστικό σχολείο της Σίφνου, που ίδρυσε ο Νικόλαος Χρυσόγελος).

Στο Κάστρο: οι εκκλησίες της Θεοσκέπαστης, του Αγίου Νικολάου, της Αγιάς Αικατερίνης, της Κοίμησης της Θεοτόκου, του Αγίου Ιωάννη Προδρόμου, του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, των Ταξιαρχών, του Άι Γιώργη του Γιαλού (ή της Σεράλιας) κ.ά. Το πλήθος των εκκλησιών στον οικισμό του Κάστρου (εικοσιδύο εκκλησίες μόνο στο εσωτερικό του οικισμού) αποδεικνύεται και από την ύπαρξη του τοπωνυμίου «Των Πολλών Εκκλησιών». Δεξιά στην είσοδο του οικισμού βρίσκονται οι δύο εκκλησίες του Αγίου Στεφάνου και του Αγίου Ιωάννη του Καλυβίτη, όπου λειτούργησε από το 1687 έως το 1835 η περίφημη Σχολή του Αγίου Τάφου, γνωστή ως «Παιδευτήριο του Αρχιπελάγους».

Στο Κάτω Πετάλι: οι εκκλησίες του Άι Νικήτα, του Άι Σώστη, του Αγίου Γεωργίου, της Αγιάς Παρασκευής, της Παναγιάς τα Σκαλάκια. Στις νότιες παρυφές του χωριού βρίσκεται η γραφική εκκλησία της Παναγίας του Κούκια (Μυρτιδιώτισσας 1614).

Μερικές μόνο από τις εκκλησίες που αξίζει να επισκεφτεί κανείς, όχι μόνον για θρησκευτικούς λόγους αλλά και για να απολαύσει τις πολλές και διαφορετικές εικόνες της Σίφνου είναι: Η εκκλησία του Αγίου Συμεών και του Άι Νηγιά του Τρουλακιού που δεσπόζουν πάνω από τον όρμο των Καμαρών, η εκκλησία του Αγίου Ανδρέα στο λόφο της Αρχαίας Ακρόπολης αλλά και του Αγίου Νικήτα στο Σελλάδι, η δισυπόσταστη εκκλησία του Αγίου Πολυκάρπου στο γραφικό κόλπο της Χερρονήσου, η δίκλιτη εκκλησία των Ταξιαρχών στο Βαθύ, οι Άγιοι Ανάργυροι στην Αγία Μαρίνα Καμαρών και στο δρόμο της Απολλωνίας, η Παναγιά το Τόσο Νερό, η εκκλησία της Παναγίας της Κιτριανής στο νησάκι της Κιτριανής έξω από τον Πλατύ Γιαλό που χρονολογείται στα τέλη του 10ου-11ου αιώνα, το ξωκλήσι του Αγίου Χαραλάμπου στο μονοπάτι που ενώνει το Γλυφό με τη Χρυσοπηγή, η Αγιά Σοφιά και ο Άι Γιώργης ο Καραβοστάσης στον Πλατύ Γιαλό.

Αξίζει, τέλος, να περπατήσει κάποιος μέσα στην περιοχή της “Natura”, προκειμένου να επισκεφτεί εκκλησίες μοναδικής ομορφιάς και απλότητας, όπως το μοναστήρι του Ταξιάρχη της Σκάφης, το ξωκλήσι του Άι Στάθη, η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας και του Αγίου Κωνσταντίνου στο Φλάμπουρο, η Παναγιά του Νήλιου, ο Άι Γιάννης του Μαύρου Χωριού, ο Άι Νικόλας Τ’ Αερινά, η Αγιά Αικατερίνη η Κάπφαρη, ο Άγιος Πολύκαρπος στο Καλαμίτσι.